Gymnázium Paměti národa je školou soukromého zřizovatele. Školné pro školní rok 2021/2022 je stanoveno na 7 000 korun měsíčně.
Škole ve spolupráci se svými podporovateli a donory připravuje vznik fondu, který by umožnil plně či částečně financovat studium nadaným studentům, kteří by z majetkových důvodů jinak nemohli na Gymnáziu Paměti národa studovat. Tento stipendijní program plánuje škola nabídnout uchazečům od školního roku 2022/2023.