Gymnázium Paměti národa realizuje v rámci svého kurikula také kombinovanou výuku, a to v rámci tzv. autonomního semináře. Tento volitelný seminář se vyučuje distančně – asynchronně (studijní povinnosti je možné si plnit v čase a místě, které si studující zvolí individuálně), a je doplněn povinnými osobními konzultacemi ve škole. Rozsah autonomního semináře je 2 vyučovací hodiny týdně, a škola umožňuje studujícím je trávit také ve škole v rámci jejich volných hodin nebo školního klubu.
Kombinovanou výuku využívá i volitelný předmět Paměť národa 3 a 4, který má časovou dotaci 2 vyučovací hodiny týdně, a to tak, že jedna z těchto hodin probíhá prezenčně ve škole, a druhá distančně – asynchronně.